Het belangrijkste verschil tussen prokaryotisch en eukaryotisch genoom is dat het prokaryote genoom aanwezig is in het cytoplasma, terwijl het eukaryotische genoom zich binnen de kern beperkt.
Genoom verwijst naar de volledige verzameling DNA van een organisme. Met andere woorden, het genoom is het genetisch materiaal van een organisme dat de totale genetische informatie bevat. Het grootste deel van het organisme heeft een genoom gemaakt van DNA. Sommige genomen zijn echter gebaseerd op RNA. Bepaalde virussen hebben bijvoorbeeld RNA-genomen. Wanneer we het totale genetische materiaal van een organisme beschouwen, omvat het niet alleen de genen of de coderende sequenties. Het omvat zowel genen als niet-coderende DNA-sequenties.
Omdat de genetische informatie in het genoom ligt in de vorm van genen, ondergaan genen transcriptie en translatie om eiwitten te produceren. Er is een verschil tussen prokaryote en eukaryote genoom-expressieprocessen. Bovendien zijn de opslag en replicatie van beide genomen ook verschillend tussen de prokaryoten en eukaryoten. Maar de structuur van het DNA blijft in beide organismen hetzelfde (Double Helix). Het belangrijkste verschil tussen prokaryotisch en eukaryotisch genoom hangt samen met de cellulaire organisatie van organismen en waar het genoom zich bevindt.
