Het belangrijkste verschil tussen hiërarchische en hele genoom-shotgun-sequencing is dat bij hiërarchische shotgun-sequencing het genoom wordt opgedeeld in grotere fragmenten voorafgaand aan sequencing, terwijl bij hele genoom-shotgun-sequencing het hele genoom wordt opgesplitst in kleine fragmenten voor sequencing.
Sequentiebepaling is een belangrijke techniek bij moleculaire processen, vooral bij de nauwkeurige identificatie van soorten. In feite is het de techniek om de precieze volgorde van nucleotiden in een gen of genoom te identificeren. Er zijn veel technieken voor het rangschikken. Enkele hiervan zijn de Maxam Gilbert-methode, de Sanger-methode en de geautomatiseerde Sanger-methode.
