Het belangrijkste verschil tussen prokaryoot en eukaryoot DNA is dat het prokaryote DNA vrij in het cytoplasma zweeft terwijl het eukaryote DNA zich in de kern bevindt.
Er zijn twee hoofdcategorieën levende organismen, zoals prokaryoten en eukaryoten. Ze verschillen van elkaar door hun cellulaire organisatie. Dienovereenkomstig hebben prokaryoten een eenvoudige cellulaire organisatie. Ze missen een kern en membraangebonden organellen. Aan de andere kant hebben eukaryoten een complexe cellulaire organisatie. Ze hebben een echte kern die DNA bevat en ook membraangebonden celorganellen. Alle prokaryoten zijn eencellig, terwijl eukaryoten eencellige of meercellige organismen kunnen zijn. Prokaryoten en eukaryoten bevatten voornamelijk DNA-genomen. Hun DNA is verpakt in chromosomen. Omdat prokaryoten geen kern hebben, zweeft hun DNA vrij in het cytoplasma. Bij eukaryoten situeren chromosomen zich echter in de kern. Daarom omsluit het kernmembraan al het eukaryotische DNA.
