De belangrijk verschil tussen ribozymen en proteïne-enzymen is dat de ribozymen RNA-moleculen zijn die in staat zijn om bepaalde specifieke biochemische reacties te katalyseren, terwijl de proteïne-enzymen eiwitmoleculen zijn die de meeste biochemische reacties kunnen katalyseren die optreden in de levende organismen.
Enzymen zijn biologische katalysatoren en ze versnellen de snelheid van biochemische reacties. Over het algemeen zijn alle enzymen eiwitten die zijn opgebouwd uit aminozuren. Daarom worden ze ook wel proteïne-enzymen genoemd. Er zijn echter specifieke RNA-moleculen die kunnen fungeren als katalysator van specifieke biochemische reacties. Het zijn de ribozymen of ribonucleïnezuurenzymen. Daarom vervullen zowel ribozymen als proteïne-enzymen dezelfde functie die het katalyseren van biochemische reacties is.
