Het belangrijkste verschil tussen DNA en cDNA is dat het DNA zowel exons als introns bevat, terwijl het cDNA alleen exons bevat.
DNA en cDNA zijn twee soorten nucleïnezuren die zijn opgebouwd uit deoxyribonucleotiden. DNA is een van de belangrijkste macromoleculen van levende organismen die het genoom maken. Het genoom bevat de algemene genetische informatie van een organisme. Het bestaat uit verschillende soorten sequenties, waaronder exons die coderende sequenties zijn en introns die niet-coderende sequenties zijn. Aan de andere kant is cDNA of complementair DNA een andere vorm van DNA die door de wetenschappers kunstmatig wordt gesynthetiseerd uit mRNA-moleculen. Aangezien cDNA is afgeleid van mRNA-sjablonen, bevat het geen niet-coderende sequenties of introns.