Het belangrijkste verschil tussen CDS en cDNA is dat CDS of coderende sequentie het deel is van een transcript dat daadwerkelijk in eiwit wordt vertaald, terwijl cDNA-sequentie een DNA-sequentie is die door reverse transcriptie van het mRNA is afgeleid.
Een gen is een nucleotidesequentie die codeert voor een eiwit. Het bestaat uit verschillende regio's zoals promotorregio, transcriptie-initiatieplaats, exons, startcodon, introns en stopcodon. Daarom heeft een gen zowel coderende als niet-coderende sequenties. Coderende sequenties of CDS verwijst naar de exons en twee codons, die startcodon en stopcodon zijn. Het is de sequentie die daadwerkelijk wordt vertaald in een eiwit. Daarentegen is cDNA een DNA-sequentie die is afgeleid van het mRNA door middel van reverse transcriptie.
