Het belangrijkste verschil tussen genomisch DNA en plasmide-DNA-isolatie is dat de genomische DNA-isolatie gericht is op de extractie van genomisch DNA, terwijl de plasmide-DNA-isolatie gericht is op de extractie van plasmide-DNA van de bacteriën.
DNA-isolatie is een chemisch proces dat werd gebruikt om DNA van verschillende soorten of van verschillende monsters te isoleren. DNA-isolatie is belangrijk in stroomafwaartse moleculaire biologietechnieken, zoals gelelektroforese, polymerasekettingreactie en DNA-sequentietechnieken. Daarom is isolatie van DNA een essentieel chemisch proces in moleculair biologische studies. Op basis van het doel van het onderzoek is het soms nodig om genomisch DNA te isoleren. Bovendien richten sommige onderzoeken zich op het isoleren van plasmide-DNA uit bacteriën. Genomische DNA-isolatie is het proces waarbij genomisch DNA wordt geïsoleerd uit een prokaryotisch of eukaryotisch monster. De isolatiestappen verschillen afhankelijk van het type cel waarin het DNA isoleert. Plasmide-DNA-isolatie is het proces waarbij plasmide-DNA uit een bacteriële cel wordt geïsoleerd. In vergelijking met genomische DNA-isolatie,het algehele proces is complex bij plasmide-DNA-isolatie.