De belangrijk verschil tussen mitochondriaal DNA en chloroplast-DNA is dat mitochondriaal DNA aanwezig is in de mitochondriën van eukaryote cellen, terwijl chloroplast-DNA aanwezig is in de chloroplasten van plantencellen.
Mitochondriën en chloroplasten zijn twee belangrijke membraangebonden organellen in eukaryote cellen. Mitochondriën zijn de krachtpatsers van cellen. Aan de andere kant zijn chloroplasten de locaties van fotosynthese in planten. Aangenomen wordt dat zowel mitochondriën als chloroplasten afkomstig zijn van prokaryote cellen tot eukaryote cellen via endosymbiose. Deze twee organellen bevatten hun eigen DNA. Hoewel dit DNA geen nucleair DNA is van een cel en niet belangrijk is voor het functioneren van de cel, is het wel belangrijk voor sommige van hun eigen celorganel-eigenschappen.
