Het belangrijkste verschil tussen elektronegativiteit en ionisatie-energie is dat elektronegativiteit de aantrekkingskracht van elektronen verklaart, terwijl ionisatie-energie verwijst naar het verwijderen van elektronen uit een atoom.
Atomen zijn de bouwstenen van alle bestaande stoffen. Ze zijn zo klein dat we ze niet eens met ons blote oog kunnen observeren. Een atoom bestaat uit een kern met protonen en neutronen. Naast neutronen en positronen zijn er andere kleine subatomaire deeltjes in de kern en cirkelen er elektronen rond de kern in orbitalen. Door de aanwezigheid van protonen hebben atoomkernen een positieve lading. De elektronen in de buitenste bol hebben een negatieve lading. Daarom behouden de aantrekkende krachten tussen de positieve en negatieve ladingen van het atoom zijn structuur.