Belangrijkste verschil - Probe versus primer
De moleculaire sonde is een klein DNA- of RNA-fragment dat de complementaire sequenties in DNA of RNA herkent en identificatie van de doelsequentie mogelijk maakt. Primer is een klein stukje DNA of RNA dat als uitgangspunt dient voor DNA-synthese. Primers en probes hybridiseren met de complementaire nucleotiden van het matrijs-DNA of het doel-DNA. Het belangrijkste verschil tussen sonde en primer is echter dat primers nodig zijn voor DNA-replicatie, terwijl sondes nodig zijn voor detectie van specifieke sequenties in het monster-DNA.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is sonde
3. Wat is primer
4. Vergelijking zij aan zij - Probe versus primer
5. Samenvatting
Wat is een sonde?
Probe is een klein fragment van DNA of RNA dat wordt gebruikt om het doel-DNA of -RNA in het monster te detecteren door middel van moleculaire hybridisatie. Ze staan ook bekend als moleculaire markers. De lengte van de sonde kan variëren (100 tot 1000 basen), en sonde-nucleotiden zijn complementair aan het deel van de doelsequentie. Om de detectie te vergemakkelijken, zijn de probes gelabeld met radioactieve isotopen of met fluorescerende kleurstoffen of antilichamen. Probes binden met de complementaire basen van de doelsequentie en onthullen de aanwezigheid van het doel-DNA of -RNA in het monster. Er zijn twee hoofdmethoden voor het labelen van probes: eindlabeling en nick-vertaling. Sondes zijn onderverdeeld in verschillende typen, waaronder DNA-sondes, RNA-sondes, cDNa-sondes en synthetische oligonucleotiden-sondes, en ze worden bereid met behulp van verschillende technieken.
Sondes zijn belangrijke hulpmiddelen op veel microbiële en moleculaire gebieden, zoals virologie, forensische pathologie, vaderschapstesten, DNA-vingerafdrukken, detectie van genetische ziekten, RFLP, moleculaire cytogenetica, in situ hybridisatie, enz.
Figuur 01: Fluorescent gelabelde sonde gebruikt in FISH voor detectie van pathogenen
Wat is een primer?
Primer is een kort DNA- of RNA-fragment dat dient als initiator voor DNA-synthese. DNA-polymerase-enzym voegt nucleotiden toe aan de 3 'OH-groep van primersequenties en synthetiseert de nieuwe streng complementair aan het template-DNA. Primers zijn zeer korte fragmenten met een lengte van 18 tot 20 nucleotiden. Ze worden chemisch gesynthetiseerd in het laboratorium voor in vitro DNA-amplificatie (PCR). Primers kunnen elke sequentie van nucleotiden hebben, aangezien ze door de gebruiker zijn ontworpen. Ze worden gesynthetiseerd om te matchen met de complementaire basen van het sjabloon-DNA. Daarom kan het elke sequentie van nucleotiden hebben. Primers zijn van het grootste belang voor DNA-replicatie, aangezien DNA-polymerase geen nieuw DNA kan synthetiseren zonder een reeds bestaand stukje DNA. Bij het ontwerpen van de primers voor PCR moeten de volgende zaken in overweging worden genomen:
- Primers moeten de complementaire nucleotiden bevatten aan het flankerende uiteinde van het DNA dat wil amplificeren.
- Primers moeten een smelttemperatuur hebben tussen 55 - 65 0 C
- Het G- en C-gehalte moet tussen de 50 en 60% liggen.
Bij PCR worden twee primers gebruikt als voorwaartse en achterwaartse om beide strengen van het monster-DNA te repliceren. Primers worden vaak gebruikt om PCR- en DNA-sequencing uit te voeren.
Figuur 02: primer annealing in PCR
Wat is het verschil tussen sonde en primer?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Sonde versus primer |
|
| Probe is een klein fragment van DNA / RNA dat wordt gebruikt om de aanwezigheid van de doelsequentie in een monster te detecteren door middel van moleculaire hybridisatie. | Primer is een klein stukje DNA of RNA dat dient als startpunt voor DNA-replicatie. |
| Functie | |
| Dit detecteert de aanwezigheid van een specifieke sequentie in het monster van DNA of RNA. | Dit fungeert als een startpunt voor DNA-synthese. |
| Lengte | |
| De lengte kan in het bereik van 100 - 1000 bases liggen | Lengte is over het algemeen ongeveer 18 - 20 basen |
| Binding met complementaire volgorde | |
| Probe hybridiseert met de complementaire basen van de doelsequentie | Primer versmelt met de complementaire basen van de DNA-strengen. |
| Etikettering | |
| Sondes zijn gelabeld voor gemakkelijke detectie | Primers zijn over het algemeen niet gelabeld |
| Gebruik in PCR | |
| Sondes worden niet gebruikt bij PCR | Primers worden gebruikt bij PCR |
Samenvatting - Probe vs Primer
Probe is een klein fragment van een DNA- of RNA-sequentie dat kan worden gehybridiseerd met complementaire nucleotiden om een doelsequentie in het monster te detecteren. Probes worden radioactief, immunologisch of fluorescerend gelabeld om de aanwezigheid van doelwitsequentie te zien. Primer is een heel klein DNA- of RNA-fragment dat fungeert als het startpunt voor in vitro DNA-amplificatie. DNA-polymerase identificeert 3 'OH-groep primer en initieert de opbouw van een nieuwe streng complementair aan de template. Probes en primers werken op dezelfde manier door te hybridiseren met complementaire nucleotiden. Het belangrijkste verschil tussen sonde en primer is dus hun belangrijkste functie.
