De belangrijk verschil tussen primer en promotor is dat primer een commercieel gesynthetiseerde korte DNA-sequentie is die in PCR wordt gebruikt voor amplificatie van een doelwit-DNA-sequentie, terwijl promotor een specifieke DNA-sequentie is die een veilige initiële bindingsplaats biedt voor RNA-polymerase en transcriptiefactoren in om transcriptie te starten.
Primer en promotor zijn twee soorten DNA-sequenties. Primer is een klein stukje DNA dat nodig is voor de polymerasekettingreactie (PCR). Het heeft korte nucleotidesequenties die complementair zijn aan het flankerende uiteinde van de DNA-streng. Er zijn twee soorten primers, en ze werken als uitgangspunt voor de synthese van nieuwe DNA-strengen. Een promotor daarentegen is een specifieke DNA-sequentie die stroomopwaarts van de transcriptie-initiatieplaats van een gen is gelokaliseerd. Het werkt rechtstreeks samen met de componenten van het transcriptiemechanisme zoals RNA-polymerase en transcriptiefactoren om de DNA-transcriptie te regelen. Daarom binden RNA-polymerase en andere transcriptiefactoren aan de promotersequentie en initiëren ze transcriptie.
