Belangrijkste verschil - Nick-vertaling versus Primer-extensie
Nick-translatie en primer-extensie zijn twee belangrijke technieken die worden uitgevoerd in de moleculaire biologie. Het belangrijkste verschil tussen nick-translatie en primer-extensie is dat nick-translatieproces gelabelde probes produceert voor andere hybridisatietechnieken, terwijl primer-extensiemethode een specifieke RNA-sequentie uit een mengsel identificeert en informatie onthult over de expressie van mRNA. Beide technieken zijn van groot belang en worden routinematig uitgevoerd in moleculaire onderzoekslaboratoria.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is Nick-vertaling
3. Wat is Primer-extensie
4. Vergelijking naast elkaar - Nick-vertaling versus Primer-extensie
5. Samenvatting
Wat is Nick-vertaling?
Nick-translatie is een belangrijke techniek die wordt gebruikt om gelabelde probes voor te bereiden voor verschillende moleculair biologische technieken zoals blotting, in situ hybridisatie, fluorescente in situ hybridisatie enz. Het is een in vitro methode voor DNA-labeling. DNA-sondes worden gebruikt om specifieke DNA- of RNA-sequenties te identificeren. Met behulp van een gelabelde probe kunnen specifieke fragmenten worden gemarkeerd of zichtbaar gemaakt vanuit een complex mengsel van nucleïnezuur. Daarom worden gelabelde sondes bereid met behulp van verschillende technieken die voor verschillende technieken kunnen worden gebruikt. Nick-translatie is zo'n methode die gelabelde probes produceert met behulp van DNase 1- en DNA-polymerase 1-enzymen.
Het nick-translatieproces begint met DNase 1-enzymactiviteit. DNase 1 introduceert inkepingen in de fosfaatruggengraat van dubbelstrengs DNA door fosfodiësterbindingen tussen nucleotiden te splitsen. Zodra de inkeping is gemaakt, wordt een vrije 3'-OH-groep van de nucleotide geproduceerd en zal het DNA-polymerase 1-enzym daarop inwerken. 5 'tot 3' exonuclease-activiteit van DNA-polymerase 1 verwijdert nucleotiden van de inkeping in de richting van de 3'-richting van de DNA-streng. Tegelijkertijd werkt de polymerase-activiteit van het DNA-polymerase 1-enzym en worden nucleotiden toegevoegd om de verwijderde nucleotiden te vervangen. Als de nucleotiden zijn gelabeld, vindt de vervanging plaats door de gelabelde nucleotiden en wordt het DNA gemarkeerd voor identificatie. Dit nieuw gesynthetiseerde gelabelde DNA kan worden gebruikt als probes in verschillende hybridisatiereacties in Molecular Biology.
Figuur 01: Nick-vertaalproces
Wat is Primer-extensie?
Primer-extensie is een techniek die wordt gebruikt om een specifieke RNA-sequentie uit een RNA-mengsel te vinden en het 5'-uiteinde van het mRNA-transcript te lokaliseren. Het wordt ook gebruikt om de structuur van RNA en expressie te bestuderen. De primerverlengingsmethode wordt uitgevoerd met gelabelde primers of met gelabelde nucleotiden. Als gelabelde primers worden gebruikt, is het niet nodig om de nucleotiden te labelen die worden gebruikt voor de synthese van cDNA. Er zijn verschillende stappen in deze techniek. Het begint met extractie van RNA uit het monster. Vervolgens wordt een gelabelde oligonucleotide-primer aan het mengsel toegevoegd samen met de noodzakelijke ingrediënten om cDNA van een specifieke RNA-sequentie te synthetiseren. Primer versmelt met de complementaire volgorde van het mengsel. Met behulp van de primer-uitgegloeide sequentie als sjabloon,het enzym reverse transcriptase synthetiseert het complementaire DNA (cDNA) van de RNA-sequentie. Primer-annealing en reverse transcriptie vinden alleen plaats als de specifieke RNA-sequentie in het monster aanwezig is. Ten slotte, wanneer denaturerende gelelektroforese wordt uitgevoerd, kan de grootte van de RNA-sequentie worden bepaald. Het is ook gemakkelijk om de +1 base van de mRNA-sequentie (transcriptie-initiatieplaats) te vinden met de primer-extensiemethode. De hoeveelheid mRNA die in het monster aanwezig is, kan met deze methode worden gekwantificeerd als een overmaat primer wordt gebruikt. Het is ook gemakkelijk om de +1 base van de mRNA-sequentie (transcriptie-initiatieplaats) te vinden met de primer-extensiemethode. De hoeveelheid mRNA die in het monster aanwezig is, kan met deze methode worden gekwantificeerd als een overmaat primer wordt gebruikt. Het is ook gemakkelijk om de +1 base van de mRNA-sequentie (transcriptie-initiatieplaats) te vinden met de primer-extensiemethode. De hoeveelheid mRNA die in het monster aanwezig is, kan met deze methode worden gekwantificeerd als een overmaat primer wordt gebruikt.
Figuur 02: Primer-extensie
Wat is het verschil tussen Nick Translation en Primer Extension?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Nick-vertaling versus Primer-extensie |
|
| Nick-translatie is een proces dat gelabelde DNA-sondes creëert voor verschillende hybridisatiereacties. | Primer-extensie is een techniek die wordt gebruikt om specifiek RNA te vinden of om genexpressie te bestuderen. |
| Enzymen gebruikt | |
| DNase 1- en DNA-polymerase-enzymen worden gebruikt. | Omgekeerd transcriptase-enzym wordt gebruikt. |
| Belang | |
| Nick-translatie vergemakkelijkt het markeren van een specifieke DNA-sequentie. | Primer-extensie maakt detectie van specifieke mRNA-sequentiegrootte en de hoeveelheid aanwezig in het monster mogelijk. |
Samenvatting - Nick-vertaling versus Primer-extensie
Nick-translatie is een methode die wordt gebruikt om gelabelde probes te synthetiseren op basis van de activiteiten van DNase 1- en E coli DNA-polymerase 1-enzymen. Het is een in vitro methode die in laboratoria wordt gebruikt voorafgaand aan verschillende hybridisatietechnieken. Tijdens de nick-translatie verwijdert 5'-3 'exonuclease-activiteit van DNA-polymerase 1 nucleotiden vóór de nick en polymerase-activiteit van DNA-polymerase 1 vervangt de verwijderde nucleotiden door gelabelde nucleotiden achter de nick. Primer-extensie is een methode die wordt gebruikt om een specifiek RNA-transcript uit een mengsel te detecteren en de grootte en de hoeveelheid van het interesse-RNA te kwantificeren. Dit is het verschil tussen nick-translatie en primer-extensie.
