Belangrijkste verschil - Exome versus transcriptoom
Een gen bevat daarin coderende en niet-coderende gebieden. Coderende sequenties staan bekend als exons en niet-coderende sequenties staan bekend als introns. De nucleotidesequentie van de exons van een gen vertegenwoordigt de genetische code van het gen om het specifieke eiwit te synthetiseren. Daarom blijven exons in het mRNA-molecuul. Het totale exongebied van het genoom staat bekend als exoom en het is een belangrijk onderdeel van het genoom. De genetische code van de genen wordt omgezet in de genetische code van het mRNA-molecuul, die nodig is voor de aanmaak van eiwitten. De volledige mRNA-moleculen die tegelijkertijd in een cel of celpopulatie worden getranscribeerd, staan bekend als een transcriptoom. Het belangrijkste verschil tussen exoom en transcriptoom is dat exoom de sequenties van de exonregio's van het genoom vertegenwoordigt, terwijl transcriptoom het totale mRNA van een cel of weefsel op een bepaald moment vertegenwoordigt.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is Exome
3. Wat is transcriptoom
4. Vergelijking zij aan zij - Exome versus transcriptoom
5. Samenvatting
Wat is Exome?
Genen zijn samengesteld uit exons, introns en regulerende sequenties. Exons zijn de genregio's die tijdens de transcriptie in de mRNA-sequentie worden getranscribeerd. Introns en andere niet-coderende gebieden worden verwijderd tijdens de transcriptie. De nucleotidesequentie van exons bepaalt de genetische code van het gen dat het specifieke eiwit synthetiseert dat het codeert. Alleen exons blijven binnen het mRNA van een eiwit. De verzameling exonen in het genoom staat bekend als het exoom van een organisme. Het vertegenwoordigt een deel van het genoom dat tot expressie wordt gebracht in genen. Bij mensen maakt exoom 1% uit van het genoom. Het is het eiwitcoderende deel van het menselijk genoom.
Figuur 01: Exome
Wat is een transcriptoom?
Het transcriptoom is de verzameling van alle eiwitcoderende en niet-coderende transcripten (RNA's) in een bepaald weefsel. Transcriptoom vertegenwoordigt de verzameling van totale mRNA-moleculen die tot expressie worden gebracht door de genen in een cel of weefsel. Het transcriptoom van een cel kan worden gevarieerd met het transcriptoom van een ander celtype. Het transcriptoom is ook dynamisch - het verandert met de tijd als reactie op zowel interne als externe stimuli. Zelfs binnen hetzelfde weefsel of binnen hetzelfde celtype kan het transcriptoom na enkele minuten veranderen.
Transcriptoom verschilt van exoom van een organisme. Transcriptoom omvat alleen de tot expressie gebrachte exoomsequenties. Hoewel het exoom van een cel hetzelfde blijft, verschilt het transcriptoom tussen de cellen, omdat genexpressie niet voor alle cellen of weefsels hetzelfde is. Alleen essentiële genen komen tot expressie in verschillende cellen en weefsels. Genexpressie is een proces dat specifiek is voor het weefsel of het celtype. Het wordt gereguleerd door verschillende factoren, waaronder omgevingsfactoren. Daarom kan het transcriptoom variëren met externe omgevingsomstandigheden.
Transcriptome wordt gebruikt als een voorloper voor proteomics-onderzoeken. Alle eiwitten zijn afgeleid van mRNA-sequenties. Translationele wijzigingen kunnen leiden tot veranderingen in eiwitten. Transcriptoom biedt echter belangrijke basisinformatie voor de proteomische onderzoeken.
Figuur 02: Transcriptoom van embryonale stamcellen
Wat is het verschil tussen Exome en Transcriptome?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Exome versus transcriptoom |
|
| Exome is de verzameling van eiwitcoderende gebieden van de genen. | Transcriptoom is de verzameling van alle getranscribeerde RNA inclusief mRNA. |
| Monster | |
| Exome wordt bestudeerd met behulp van een DNA-monster. | Transcriptoom wordt bestudeerd met behulp van een RNA-monster. |
| Studiemethode | |
| Whole exome-sequencing is de methode om exome te bestuderen. | RNA-sequencing is de methode om transcriptoom te bestuderen. |
Samenvatting - Exome versus transcriptoom
Exons zijn de coderende sequenties van de genen en bepalen de mRNA-sequenties van de eiwitten. De verzameling van deze coderende sequenties (exons) staat bekend als het exoom van een organisme. Genen worden getranscribeerd in mRNA-moleculen voordat eiwitten worden gemaakt. De totale mRNA-moleculen van een cel of weefsel op een bepaald moment staan bekend als transcriptoom. Transcriptoom vertegenwoordigt de genen die op een bepaald moment actief tot expressie worden gebracht in mRNA. Transcriptoom is cel- en weefselspecifiek en beïnvloedt de omgevingsomstandigheden. Dit is het verschil tussen exoom en transcriptoom.
