Belangrijkste verschil - Exome versus RNA-sequencing
Nucleïnezuursequentiebepaling is de techniek die de volgorde van nucleotiden in een bepaald fragment van DNA of RNA van een organisme bepaalt. Sequentiebepaling is belangrijk bij het identificeren van de DNA- en RNA-samenstelling van de cel en bij het onderscheiden van bepaalde genen die coderen voor functionele eiwitten; sequencing kan dus worden gebruikt om de mutaties van deze genen en genexpressies te begrijpen. Sanger-sequencing-methode of de meer geavanceerde sequentiemethoden van de volgende generatie zijn de sequentiemethoden die vaak worden gebruikt. Exome-sequencing is de sequentiebepaling van de complete set exons of coderende DNA-regio's die aanwezig zijn in een organisme, terwijl RNA-sequencing de sequentiebepalingsprocedure is van ribonucleïnezuren (RNA). Dit is het belangrijkste verschil tussen exome- en RNA-sequencing.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is Exome-sequencing
3. Wat is RNA-sequencing
4. Overeenkomsten tussen Exome- en RNA-sequencing
5. Vergelijking zij aan zij - Exome versus RNA-sequencing in tabelvorm
6. Samenvatting
Wat is Exome-sequencing?
Exome is een subset van het genoom dat bestaat uit de coderende genen van een bepaald organisme. Coderende genen worden exons genoemd en worden getranscribeerd in mRNA en vervolgens vertaald in aminozuursequenties. Tijdens post-transcriptionele modificaties verwijdert het RNA-splitsingsmechanisme in eukaryoten de introns (niet-coderende regio's) en blijven de exons achter. Er zijn twee hoofdtechnieken waarin exome-sequencing wordt uitgevoerd: oplossingsgebaseerd en arraygebaseerd.
Bij oplossingsgebaseerde exome-sequencing worden DNA-monsters gefragmenteerd met behulp van restrictie-enzymen of mechanische methoden en gedenatureerd door warmte. Bij deze techniek worden gebiotinyleerde oligonucleotide-probes (aas) gebruikt om selectief te hybridiseren met doelgebieden in het genoom. Magnetische streptavidinekorrels worden gebruikt voor de bindstap. De binding wordt gevolgd door een wasstap waarbij de ongebonden en niet-gerichte sequenties worden weggewassen. De gebonden doelen worden vervolgens geamplificeerd met behulp van Polymerase Chain reaction (PCR) en vervolgens wordt de sequentie bepaald met behulp van Sanger-sequencing of Next Generation Sequencing-technieken.
Figuur 01: Exome-sequencing
Op een matrix gebaseerde methode is ook vergelijkbaar met de op oplossing gebaseerde methode, behalve dat DNA-fragmenten worden opgevangen in een microarray, waarna de binding en de wasstappen volgen voordat de sequentie wordt bepaald.
Exome-sequencing wordt gebruikt in vele toepassingen, zoals genetische diagnose van ziekten, gentherapie, het identificeren van nieuwe genetische markers, in de landbouw om verschillende gunstige agronomische eigenschappen te identificeren en in plantveredelingsprocedures.
Wat is RNA-sequencing?
RNA-sequencing is gebaseerd op het transcriptoom, dat de volledige transcripties van de cel is. De belangrijkste doelen van RNA-sequencing zijn om alle soorten van het transcript te catalogiseren, inclusief mRNA, niet-coderend RNA en klein RNA, om de transcriptiestructuur van genen te bepalen en om de expressieniveaus van elk transcript tijdens de ontwikkeling te kwantificeren. Tijdens RNA-sequentiebepaling werden aanvankelijk hybridisatietechnologieën (die complementair DNA waren afgeleid van rijpe mRNA-sequenties) voor sequentiebepaling gebruikt. Momenteel wordt voor RNA-sequencing een meer nauwkeurige en geavanceerde doorvoertechniek gebruikt.
Figuur 02: RNA-sequencing
Bij RNA-sequencing wordt een RNA-monster dat totaal RNA of gefractioneerd RNA kan zijn, omgezet in zijn complementair DNA (cDNA) met behulp van reverse transcriptie, en wordt een cDNA-bibliotheek bereid. Elk cDNA-fragment is aan beide zijden (pair end sequencing) of aan één zijde (single end sequencing) aan adapters bevestigd. Deze gelabelde sequenties worden gesequenced met behulp van Sanger-sequencing of volgende generatie, zoals exome-sequencing.
Wat zijn de overeenkomsten tussen Exome en RNA-sequencing?
- Korte geselecteerde fragmenten of de volledige set van DNA / RNA kunnen worden gebruikt voor Exome- of RNA-sequencing.
- Gesequentieerde fragmenten worden bewaard in bibliotheken.
- Sanger-sequencing of Next Generation-sequencing kan worden gebruikt.
- Beide zijn in vitro sequentiemethoden.
- Gesequentieerde fragmenten kunnen worden bepaald door fluorescerende tags.
Wat is het verschil tussen Exome en RNA-sequencing?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Exome versus RNA-sequencing |
|
| Exome-sequencing is het sequencen van de complete set exons of coderende DNA-regio's die in een organisme aanwezig zijn. | RNA-sequentiebepaling verwijst naar de sequentiebepalingsprocedure van ribonucleïnezuren (RNA); het transcriptoom. |
| Startmonster | |
| Genomisch DNA is het startmonster van exome-sequencing. | RNA is het startmonster van RNA-sequencing. |
| Samenstelling | |
| Dit bevat alleen coderende gebieden van het totale DNA dat bekend staat als Exons | Dit bevat RNA-mRNA / transcriptoom. |
| Volgorde aanbrengen in | |
| Er zijn twee hoofdmethoden voor het bepalen van de exoomsequentie; oplossingsgebaseerde en arraygebaseerde technologieën. | RNA-sequencing wordt gedaan via de bereiding van een cDNA-bibliotheek door het totale RNA of gefragmenteerde RNA te extraheren. |
Samenvatting - Exome versus RNA-sequencing
Exome is de complete set coderende regio's van een organisme en de technieken die betrokken zijn bij het bepalen van de exacte nucleotidevolgorde van Exome staan bekend als exome-sequencing. RNA-sequencing is de techniek die betrokken is bij het bepalen van de nucleotidevolgorde van het RNA van een organisme. Dit is het verschil tussen exoom- en RNA-sequencing.
Download de pdf-versie van Exome versus RNA-sequencing
U kunt de PDF-versie van dit artikel downloaden en voor offline doeleinden gebruiken volgens de citatienota. Download hier de PDF-versie Difference Between Exome and RNA Sequencing
