Belangrijkste verschil - Gelelektroforese versus SDS-pagina
Gelelektroforese is een techniek die macromoleculen in een elektrisch veld scheidt. Het is een veelgebruikte methode in de moleculaire biologie om DNA, RNA en eiwitten van mengsels te scheiden op basis van hun moleculaire afmetingen. SDS-pagina is een soort gelelektroforese die wordt gebruikt om eiwitten uit een eiwitmengsel te scheiden op basis van hun grootte. Gelelektroforese is een term die wordt gebruikt om te verwijzen naar de normale techniek die wordt toegepast voor DNA-, RNA- en eiwitscheiding, terwijl SDS-pagina een soort gelelektroforese is. Dit is het belangrijkste verschil tussen gelelektroforese en SDS-pagina.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is gelelektroforese
3. Wat is SDS-pagina
4. Vergelijking zij aan zij - Gelelektroforese versus SDS-pagina
5. Samenvatting
Wat is gelelektroforese?
Gelelektroforese is een veelgebruikte techniek die in laboratoria wordt gebruikt om geladen moleculen zoals DNA, RNA, eiwitten enz. Van hun mengsels te scheiden. Een gel wordt gebruikt bij gelelektroforese. Het werkt als een moleculaire zeef. Er zijn twee soorten gels die worden gebruikt bij gelelektroforese, namelijk agarose en polyacrylamide. Selectie van een gel en gelpreparaat zijn belangrijke factoren waarmee rekening moet worden gehouden bij gelelektroforese, aangezien de poriegrootte van de gel zorgvuldig moet worden gemanipuleerd voor een goede scheiding van moleculen door middel van gelelektroforese. Gelelektroforese heeft een elektrisch veld dat is verbonden met twee uiteinden van de gel. Het ene uiteinde van de gel vertoont een positieve lading, het andere uiteinde is negatief geladen.
DNA en RNA zijn negatief geladen moleculen. Zodra ze vanaf het negatieve uiteinde van de gel in de gel zijn geladen en op het elektrische veld zijn aangebracht, migreren ze door de poriën van de gel naar het positief geladen uiteinde van de gel. De snelheid van de migratie hangt af van de lading en de grootte van het molecuul. Kleinere moleculen migreren gemakkelijk door de gelporiën dan grotere moleculen. Vandaar dat kleinere moleculen een lange afstand door de gel afleggen en de grotere moleculen een korte afstand. Om de verplaatsing van moleculen op de gel te observeren, worden speciale soorten kleurstoffen gebruikt. Het elektrische veld wordt gedurende een bepaalde tijdsperiode aangelegd en gestopt om het verlies van moleculen te voorkomen en om de moleculen op hun afgelegde posities te houden. In de gel zijn verschillende banden te zien. Deze banden vertegenwoordigen de moleculen van verschillende groottes. Vandaar,gelelektroforese is nuttig om moleculen te differentiëren op basis van hun grootte.
Gelelektroforese wordt als preparatieve techniek in de moleculaire biologie in verschillende technieken verwerkt, zoals PCR, RFLP, klonen, DNA-sequencing, Southern blotting, genome mapping, enz.
Figuur 01: Agarosegel-elektroforese
Wat is een SDS-pagina?
Natriumdodecylsulfaat polyacrylamidegelelektroforese (SDS-pagina) is een soort gelelektroforese die wordt gebruikt om eiwitten te scheiden. Wanneer gelelektroforese wordt gebruikt om eiwitten te scheiden, zijn speciale behandelingen nodig omdat eiwitten niet negatief geladen zijn zoals DNA en RNA en niet naar het positieve of negatieve uiteinde migreren. Daarom worden eiwitten gedenatureerd en bedekt met een negatieve lading voorafgaand aan gelelektroforese. Het wordt gedaan met behulp van een detergent genaamd natriumdodecylsulfaat (SDS). De gelelektroforese die SDS en een polyacrylamidegel als ondersteunend medium gebruikt, staat bekend als SDS-pagina. Deze techniek wordt veel gebruikt in de biochemie, genetica, forensisch onderzoek en moleculaire biologie.
Tijdens SDS-pagina worden eiwitten gemengd met SDS. SDS ontvouwt eiwitten tot een lineaire vorm en bedekt ze met een negatieve lading die evenredig is met hun molecuulmassa. Vanwege de negatieve lading migreren eiwitmoleculen naar het positieve ladinguiteinde van de gel en scheiden ze zich op basis van hun moleculaire massa. Op de SDS-pagina wordt polyacrylamide gebruikt als de vaste drager voor de gel. De daadwerkelijke scheiding van de eiwitten hangt voornamelijk af van de eigenschappen van de gel. Daarom moet de bereiding van polyacrylamidegel zorgvuldig worden gedaan en moeten de juiste concentraties polyacrylamide worden gebruikt. Polyacrylamidegels vertonen een hoge resolutie dan agarosegels. Daarom wordt SDS-pagina beschouwd als een techniek met hoge resolutie voor eiwitscheiding.
SDS-pagina is een soort denaturerende gelelektroforese. Het heeft een belangrijke beperking bij eiwitanalyse. Omdat SDS eiwitten denatureert voorafgaand aan scheiding, is het niet mogelijk om enzymatische activiteit, eiwitbindende interacties, eiwitcofactoren, enz.
Figuur 02: SDS-pagina
Wat is het verschil tussen gelelektroforese en SDS-pagina?
Gelelektroforese versus SDS-pagina |
|
| Gelelektroforese is een methode die wordt uitgevoerd om macromoleculen te scheiden met behulp van een elektrisch veld. | SDS-pagina is een gelelektroforese-techniek met hoge resolutie die wordt gebruikt om eiwitten te scheiden op basis van hun massa. |
| Gel Run | |
| Het kan horizontaal of verticaal worden uitgevoerd. | SDS-pagina loopt altijd verticaal. |
| Basis voor scheiding | |
| De scheiding vindt plaats op basis van de lading en de grootte. | Eiwitscheiding vindt plaats op basis van de massa en lading. |
| Resolutie | |
| Agarosegelelektroforese heeft een lage resolutie en polyacrylamidegelelektroforese heeft een hogere resolutie | SDS-pagina heeft een betere resolutie. |
| Denaturatie | |
| Gelelektroforese omvat zowel denaturerende als niet-denaturerende technieken. | SDS-pagina denatureert eiwitten voorafgaand aan scheiding. |
Samenvatting - Gelelektroforese versus SDS-pagina
Gelelektroforese is een veelgebruikte techniek voor scheiding en analyse van DNA, RNA en eiwitten op basis van hun grootte en lading. Er zijn twee hoofdtypen gelelektroforese, namelijk agarosegelelektroforese en polyacrylamidegelelektroforese. Agarosegels worden voornamelijk gebruikt voor de scheiding van nucleïnezuren; wanneer een hogere resolutie vereist is, worden polyacrylamidegels gebruikt. SDS-pagina is een type gelelektroforese dat vaak wordt gebruikt om complexe mengsels van eiwitten te scheiden. Het wordt beschouwd als een techniek voor het scheiden van eiwitten met een hoge resolutie. Dit is het verschil tussen gelelektroforese en SDS-pagina.
