Het belangrijkste verschil tussen synthon en synthetisch equivalent is dat synthon een deel is van een chemische verbinding die kan worden gevormd door een bekend synthetisch proces, terwijl synthetisch equivalent een reagens is dat de functie van een synthon vervult.
De termen synthon en synthetisch equivalent vallen onder de tak van retrosynthetische analyse. Het is een techniek die nuttig is om de problemen op te lossen die zich voordoen tijdens de planning van een organisch syntheseproces. Bij deze analysetechniek moeten we een doelwitmolecuul omzetten in een eenvoudige structuur zonder het effect van de interactie van een reagens. Soms gebruiken we de termen synthon en synthetisch equivalent door elkaar, maar het zijn twee verschillende componenten.
