Het belangrijkste verschil tussen apodeme en apophysis is dat apodeme een richelachtige invaginatie is die naar buiten toe als een groef verschijnt, terwijl apophysis een vingervormige invaginatie is die wordt aangetroffen in het exoskelet van het insect en zichtbaar is als een kleine put naar buiten.
Geleedpotigen, inclusief insecten, hebben een exoskelet, wat een bepalend kenmerk is van dit phylum. Het exoskelet is een extern skelet dat het lichaam van deze insecten beschermt. Bovendien biedt het een groot oppervlak voor spieraanhechting. In vergelijking met het endoskelet van gewervelde dieren biedt het exoskelet een groot oppervlak. Er zijn invaginaties aanwezig op het exoskelet. Het zijn inwaartse gezwellen van de cuticula. Deze invaginaties vergroten het oppervlak voor spieraanhechting bij insecten verder. Bovendien vergroten ze de stijfheid en sterkte van het exoskelet.
Kortom, apodeme en apophysis zijn twee soorten invaginaties. Nokachtige invaginaties zijn apodemen, terwijl vingervormige invaginaties apofysen zijn. Beide typen ondersteunen interne organen en vergroten ook het oppervlak voor de aanhechting van spieren.