Het belangrijkste verschil tussen 1D- en 2D-gelelektroforese zijn de eigenschappen die worden gebruikt voor de scheiding van eiwitten op gelelektroforese. 1D-gelelektroforese scheidt alleen eiwitten op basis van het molecuulgewicht, terwijl 2D-gelelektroforese eiwitten scheidt op basis van het iso-elektrische punt en het molecuulgewicht.
Eiwitscheiding door gelelektroforese is een belangrijke techniek om eiwitten te karakteriseren. Eiwitten hebben verschillende eigenschappen; daarom is scheiding complexer in vergelijking met DNA-scheiding door middel van agarosegelelektroforese.
