Het belangrijkste verschil tussen AMPA- en NMDA-receptoren is dat de specifieke agonist van de AMPA-receptor alfa-amino - 3 - hydroxyl - 5 - methyl - 4 - isoxazolpropionzuur (AMPA) is, terwijl de specifieke agonist van de NMDA-receptor N - methyl is. - D - aspartaat (NMDA).
Er zijn drie hoofdtypen glutamaatreceptoren. Hun verschil is gebaseerd op de agonist die bindt voor de activering van de receptor voor glutamaatbinding. Glutamaatbinding opent de iongated kanalen voor het transport van natrium- en kaliumionen. NMDA-receptoren vergemakkelijken ook de flux van calciumionen door het membraan.