Belangrijkste verschil - Bacteriële transposasen versus retrovirale integrasen
Het transporteerbare genetische materiaal is geëvolueerd met twee belangrijke strategieën om van de ene regio naar de volgende regio binnen en tussen de genomen te gaan. Eén methode is om door een RNA-molecuul te verplaatsen voordat een DNA-molecuul wordt gevormd, terwijl de andere route DNA-tussenproducten omvat. Transposases en virale integrases zijn voorbeelden van dergelijk transponeerbaar genetisch materiaal. Bacteriële transposasen binden aan het einde van transposons en vergemakkelijken de katalyse van de transposonbeweging naar een ander deel van het genoom via verschillende mechanismen. Retrovirale integrases zijn enzymen die helpen bij de integratie van het genetisch materiaal van retrovirus zoals HIV in het genetisch materiaal (DNA) van de gastheercel die het infecteert. Dit is het belangrijkste verschil tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrases.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat zijn bacteriële transposasen
3. Wat zijn retrovirale integrasen
4. Overeenkomsten tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrasen
5. Vergelijking zij aan zij - Bacteriële transposasen versus retrovirale integrasen in tabelvorm
6. Samenvatting
Wat zijn bacteriële transposasen?
Transposase kan worden gedefinieerd als een enzym dat is gebonden aan het uiteinde van transposons dat de katalyse van de transposonbeweging naar een ander deel van het genoom via verschillende mechanismen mogelijk maakt. Dergelijke mechanismen omvatten 'knip- en plakmechanisme' en 'replicatief transpositiemechanisme'. Transposase werd voor het eerst geïntroduceerd door het klonen van het enzym dat nodig is voor de transpositie van het Tn3-transposon. Twee belangrijke strategieën zijn gebruikt door de transponeerbare genetische elementen voor de verplaatsing tussen genomen of van de ene site naar de andere. Het transport door een tussenproduct van RNA vóór de synthese van een DNA-kopie is één strategie, terwijl de andere alleen aan DNA-tussenproducten wordt gebonden. De recombinatiereacties die betrokken zijn bij de integratie van beide elementen vinden plaats door elementspecifieke enzymen. Dus,in een geval van DNA-elementen staan deze enzymen bekend als transposasen, terwijl ze in een geval van RNA-elementen bekend staan als integrases.
Bij het vergelijken van de verschillen tussen beide transpositiestrategieën, blijkt het proces van insertie chemisch identiek te zijn. Maar recent bewijs suggereert dat bepaalde overeenkomsten in het integratiemechanisme worden gezien in de gebieden van aminozuursequenties die een actieve plaats vormen; het DDE-motief. Momenteel worden vijf families van transposases geclassificeerd, maar het aantal families moet nog toenemen met nieuwe transposase-karakters. De families omvatten DDE-transposase, Tyrosine (Y) -transposase, Serine (S) -transposase, Rolling Circle-transposase, Reverse transcriptases / endonucleasen (RT / En) enz. Deze families gebruiken unieke katalytische mechanismen voor het breken en weer samenvoegen van DNA. Het DDE-transposase maakt deel uit van het knip- en plakmechanisme van het oorspronkelijke transposon en bevat drie sets van geconserveerde aminozuren, namelijk;aspartaat (D), aspartaat (D) en glutamaat (E). De tyrosine-transposasen zijn ook betrokken bij het knip- en pastamechanisme door het gebruik van tyrosineresidu, dat plaatsspecifiek is.
Figuur 01: Bacteriële transposasen
De serine-transposasen omvatten een tussenproduct van circulair DNA en voeren het knip- en plakmechanisme uit zoals bij bovenstaande families. De rollende cirkel-transposase omvat het kopieermechanisme waarbij een enkele streng rechtstreeks naar de doellocatie wordt gekopieerd door middel van DNA-replicatie. Dit zorgt ervoor dat de sjabloonstreng en de gekopieerde streng een streng hebben die nieuw is gesynthetiseerd. De reverse transcriptases / endonucleasen transposase heeft verschillende mechanismen voor transpositie.
Wat zijn retrovirale integrasen?
In de context van Retroviral Integrase wordt het beschouwd als een retroviraal enzym dat helpt bij de integratie van het genetisch materiaal van retrovirus, zoals HIV, in het genetisch materiaal (DNA) van de geïnfecteerde cel. Deze retrovirale integrases worden meestal verward met faagintegrrases. Voorbeelden voor faagintegrrases zijn λ faagintegrases. Maar dit zijn totaal verschillende enzymen en mogen er niet mee worden verward. Met betrekking tot de vorming van retrovirale pre-integratiecomplexen speelt retrovirale integrase een belangrijke rol. Retrovirale integrase-eiwitten bestaan doorgaans uit drie (03) canonieke domeinen. Deze domeinen zijn verbonden door flexibele linkers.
De drie domeinen omvatten een N-terminaal zinkbindend domein waar drie helixbundels zijn verbonden en gestabiliseerd door coördinatie met de betrokkenheid van een Zn 2+kation, een RNase H-vouw katalytisch kerndomein en een C-terminaal DNA-bindend domein, dat een SH3-vouw is. Door onderzoek en door middel van biochemische en structurele informatie, suggereert het dat retrovirale integrase het vermogen heeft om te functioneren als een dimeer van dimmers (tetrameer). In de context van multimerisatie en virale DNA-binding, alle drie domeinen van het retrovirale integrase-eiwit. De belangrijkste functie van retrovirale integrase is om zijn genetisch materiaal in te voegen om DNA te hosten. Deze stap is de meest cruciale stap in de virale replicatie van het HIV-virus. Eenmaal succesvol geïntegreerd, zal het aanwezig zijn in het chromosomale DNA van de cel voor de rest van zijn levensduur.
Figuur 02: Retrovirale integrasen
Daarom is er, eenmaal geïntegreerd, geen terugkeer voor de cel. Deze retrovirale integrases omvatten het katalyseren van twee hoofdreacties, waaronder verwerking aan het 3'-uiteinde en covalente ligatie. Tijdens de verwerking van het 3'-uiteinde worden 2-3 nucleotiden van beide 3'-uiteinden van het virale DNA verwijderd met de bedoeling de CA-dinucleotiden van de 3'-uiteinden van het virale DNA te onthullen, en tijdens covalente ligatie worden de bewerkte 3'-uiteinden van viraal DNA wordt covalent geligeerd in het chromosomale DNA van de gastheer.
Wat is de overeenkomst tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrasen?
Zowel bacteriële transposasen als retrovirale integrasen hebben vergelijkbare aminozuursequenties
Wat is het verschil tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrasen?
Diff Artikel Midden voor Tafel
Bacteriële transposasen versus retrovirale integrasen |
|
| Bacterieel transposase is een enzym dat is gebonden aan het uiteinde van transposons en dat de katalyse van de transposonbeweging naar een ander deel van het genoom via verschillende mechanismen vergemakkelijkt. | Retroviral Integrases wordt beschouwd als een retroviraal enzym dat helpt bij de integratie van het genetisch materiaal van retrovirus zoals HIV in het genetisch materiaal (DNA) van de cel die is geïnfecteerd. |
| Bindende regio's | |
| Hoge specifieke bindingsgebieden zijn nodig voor bacteriële transposasen. | Minder of geen nucleotidesequentie nodig voor binding. |
Samenvatting - Bacteriële transposasen versus retrovirale integrasen
Bacteriële transposasen worden beschouwd als een retroviraal enzym dat helpt bij de integratie van het genetisch materiaal van retrovirus, zoals HIV, in het genetisch materiaal (DNA) van de geïnfecteerde cel. Twee belangrijke strategieën zijn gebruikt door de transponeerbare genetische elementen voor de verplaatsing tussen genomen of van de ene site naar de andere. Momenteel worden vijf families van transposases geclassificeerd, maar het aantal families moet nog toenemen met nieuwe transposase-karakters. Retroviral Integrase, het wordt beschouwd als een retroviraal enzym dat helpt bij de integratie van het genetisch materiaal van retrovirus zoals HIV in het genetisch materiaal (DNA) van de cel die is geïnfecteerd. Retrovirale integrase-eiwitten bestaan doorgaans uit drie (03) canonieke domeinen. De belangrijkste functie van retrovirale integrase is om zijn genetisch materiaal in te voegen om DNA te hosten. Deze stap is de meest cruciale stap in de virale replicatie van het HIV-virus. Daarom is er, eenmaal geïntegreerd, geen terugkeer voor de cel. Dit is het verschil tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrase.
Download de PDF van bacteriële transposasen versus retrovirale integrasen
U kunt de pdf-versie van dit artikel downloaden en offline gebruiken volgens de citatienota. Download de pdf-versie hier: Verschil tussen bacteriële transposasen en retrovirale integrasen
