Het belangrijkste verschil tussen bacteriële endosporen en schimmelsporen is de cellulaire organisatie van de twee soorten sporen. Bacteriële endosporen zijn slapende structuren die aanwezig zijn in prokaryote bacteriën. Schimmelsporen zijn reproductieve structuren die aanwezig zijn in eukaryote schimmels.
Bacteriële endosporen zijn aanwezig in de bacteriële cellen en het zijn slapende structuren die de barre omgevingsomstandigheden kunnen overleven. Bijgevolg ontkiemen deze endosporen wanneer aan de geschikte omgevingsvoorwaarden wordt voldaan. Schimmelsporen daarentegen zijn exosporen die naar de buitenkant vrijkomen voor sporulatie.
