Het belangrijkste verschil tussen prokaryote en eukaryote topoisomerase is de cellulaire oorsprong van de topoisomerase. Prokaryote topoisomerasen zijn aanwezig in de cellen van prokaryote cellulaire oorsprong, terwijl eukaryote topoisomerasen aanwezig zijn bij organismen met eukaryote cellulaire oorsprong. Bovendien verschillen ze ook in de verdeling. Prokaryote topoisomerasen zijn aanwezig in het cytoplasma van de cel, terwijl eukaryote topoisomerasen in de kern worden verdeeld.
Een isomerase is een groep enzymen die de structurele herschikking van moleculen katalyseren. Topoisomerase is een type isomerase. Het wijzigt de topologie van het DNA-molecuul door DNA-supercoiling te reguleren. Het snijdt en verzegelt een of beide strengen van de DNA-duplex. Daarom kan DNA replicatie, transcriptie, reparatie en chromosomale segregatie ondergaan. Er zijn twee soorten topoisomerasen, namelijk topoisomerase I en II.
