Het belangrijkste verschil tussen MS en de ziekte van Lyme is dat de ziekte van Lyme een infectieziekte is, terwijl MS geen ontstekingsziekte is zonder infectieuze oorsprong. Dat wil zeggen, multiple sclerose is een chronische auto-immuun, T-cel-gemedieerde ontstekingsziekte die het centrale zenuwstelsel aantast. De ziekte van Lyme, aan de andere kant, wordt veroorzaakt door een spirocheet genaamd Borrelia burgdoferi die het menselijk lichaam binnendringt via de beten van luizen of teken.
Zowel multiple sclerose als de ziekte van Lyme zijn ziekten die ons neurologische systeem kunnen aantasten.
