Het belangrijkste verschil tussen fluorwaterstofzuur en zoutzuur is dat het fluorwaterstofzuur een zwak zuur is, terwijl het zoutzuur een sterk zuur is. Ook is het fluorwaterstofzuur in staat om waterstofbruggen te vormen, terwijl het zoutzuur geen waterstofbruggen kan vormen.
Bovendien is een ander belangrijk verschil tussen fluorwaterstofzuur en zoutzuur de moleculaire structuur. Het fluorwaterstofzuurmolecuul heeft een fluoride-ion, terwijl het zoutzuurmolecuul een chloride-ion heeft. Verder zijn zowel fluorwaterstofzuur als zoutzuur protondonoren. Daarom kunnen deze zuurmoleculen ioniseren in waterige media waarbij protonen (H +) vrijkomen. Deze protonen zorgen voor de zuurgraad in het waterige medium.
