Het belangrijkste verschil tussen Pepsin en Protease is dat de pepsine een type protease is, terwijl het protease een enzym is dat eiwit in aminozuren splitst.
Eiwitten zijn belangrijke macromoleculen gemaakt van verschillende aminozuren. Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten en ze polymeriseren tot eiwitten door amidebindingen. Sommige enzymen kunnen eiwitten afbreken tot aminozuren, en ze staan bekend als proteasen. Er zijn verschillende soorten proteasen die verschillen naargelang het mechanisme van hydrolyse. Onder hen is pepsine, een maagprotease, zo'n type.
