Het belangrijkste verschil tussen klassieke en moderne genetica is dat de klassieke genetica de Mendeliaanse genetica of het oudere concept van genetica is, dat uitsluitend tot uitdrukking komt op basis van de fenotypes die het resultaat zijn van fokexperimenten, terwijl de moderne genetica het nieuwe concept van genetica is, dat de directe onderzoek van genotypen samen met fenotypes.
De grote wetenschapper Gregor Mendel is de vader van genetica. Mendel introduceerde verschillende wetten met betrekking tot de overerving van eigenschappen en hoe de eigenschappen overgaan van ouder op nageslacht. Zo werden zijn bevindingen de basis van het geheel nieuwe concept dat later in de genetica werd ontdekt. Daarom zijn klassieke genetica en moderne genetica twee verschillende concepten. Klassieke genetica is echter de basis van moderne genetica.
