Het belangrijkste verschil tussen formele en informele organisatie is dat formele organisaties worden gevormd om een gemeenschappelijk doel te bereiken met officiële relaties tussen leden, terwijl informele organisaties worden gevormd binnen formele organisaties op basis van interpersoonlijke relaties tussen leden van de organisatie.
Zowel formele als informele organisatieconcepten zijn met elkaar verbonden. Het is omdat er veel informele organisaties zijn binnen formele organisaties. Bovendien is een formele organisatie die wordt gesteund door veel informele organisaties een efficiënte en bevredigende organisatie.