Het belangrijkste verschil tussen moleculaire orbitaaltheorie en hybridisatietheorie is dat moleculaire orbitaaltheorie de vorming van bonding en anti-bonding orbitalen beschrijft, terwijl hybridisatietheorie de vorming van hybride orbitalen beschrijft.
Er zijn verschillende theorieën ontwikkeld om de elektronische en orbitale structuren van moleculen te bepalen. VSEPR-theorie, Lewis-theorie, valentiebindingstheorie, hybridisatietheorie en moleculaire orbitaaltheorie zijn zulke belangrijke theorieën. De meest acceptabele theorie onder hen is de moleculaire orbitaaltheorie.
