De belangrijk verschil tussen fluxionaliteit en tautomerie is dat fluxionaliteit verwijst naar de uitwisseling van enkele of alle atomen in een molecuul, terwijl tautomerie verwijst naar de uitwisseling van protonen tussen moleculen.
Beide termen fluxionaliteit en tautomerie verwijzen naar het verwisselen van atoom (en) tussen verschillende posities, zoals axiale en equatoriale posities. Als deze verschillende posities op hetzelfde molecuul liggen, dan is het fluxionaliteit. Maar als het atoom dat wordt verwisseld een waterstofatoom is (een proton) en de posities bevinden zich in twee verschillende moleculen, dan wordt het tautomerie genoemd.
