De belangrijk verschil tussen prototropie en tautomerie is dat prototropie twee vormen van een molecuul bespreekt die alleen van elkaar verschillen in de positie van een bepaald proton, terwijl tautomerie de onderlinge omzetting van twee structurele isomeren bespreekt via verplaatsing van atomen of bindingen.
Prototropie is een vorm van tautomerie; het is de meest voorkomende vorm van tautomerie. Tautomerie is een concept in de organische chemie dat de omzetting van een structureel isomeer in een ander isomeer beschrijft via verplaatsing van atomen of bindingen. Als de verplaatsing plaatsvindt in een proton in het molecuul, noemen we dat prototropie. Daarom staat dit type tautomerie bekend als prototroop-tautomerie.
