Het belangrijkste verschil tussen de R- en S-configuratie is dat de R-configuratie de ruimtelijke rangschikking is van R-isomeer, die zijn relatieve richting van prioriteitsvolgorde met de klok mee heeft, terwijl S-configuratie de ruimtelijke rangschikking is van S-isomeer met zijn relatieve prioriteitsrichting bestellen tegen de klok in. Hier is de relatieve richting van de prioriteitsvolgorde de aflopende volgorde van prioriteiten van substituenten.
De R- en S-isomeren zijn organische moleculen met een chiraal centrum, een koolstofatoom waaraan vier verschillende substituenten zijn gehecht. Deze substituenten worden gerangschikt op basis van hun prioriteit (de prioriteit wordt bepaald met behulp van CIP-regels zoals hieronder beschreven).
