Het belangrijkste verschil tussen organische en anorganische stikstof is dat de organische stikstof de stikstof is die voorkomt in organische verbindingen, terwijl de anorganische stikstof stikstof is die voorkomt in anorganische verbindingen.
Organische verbindingen zijn chemische soorten die het C- en H-atoom als essentiële componenten bevatten. Als deze verbindingen ook stikstof bevatten, is deze stikstof organische stikstof. Anorganische verbindingen zijn chemische soorten met andere chemische elementen dan koolstof en waterstof. Maar er kunnen ook koolstof en waterstof in anorganische verbindingen zitten. Het is echter niet essentieel om deze chemische elementen te hebben zoals bij organische verbindingen. De stikstofatomen die aan deze verbindingen zijn gebonden, zijn dan anorganische stikstof. We gebruiken deze termen voornamelijk met betrekking tot bodemchemie.
