Het belangrijkste verschil tussen complementaire en aanvullende genen is dat de complementaire genen de aanwezigheid van elk gen vereisen bij het tot expressie brengen van het kenmerk, terwijl slechts één gen van de twee aanvullende genen de aanwezigheid van het andere gen vereist bij het tot expressie brengen van het kenmerk.
Genen werken met elkaar samen wanneer ze een eigenschap in een individu produceren. Deze interacties zijn complex en vereisen een diepgaande analyse om te begrijpen hoe ze samenwerken en hoe de aanwezigheid van de genen de expressie van eigenschappen beïnvloedt. Complementaire en aanvullende genen zijn twee van dergelijke soorten genen die met elkaar interageren bij het produceren van een eigenschap. Ze vertonen epistatische geninteracties, wat betekent dat het effect van het ene gen afhankelijk is van de aanwezigheid van het andere gen.