Het belangrijkste verschil tussen peptide en dipeptide is dat het peptide een korte keten van aminozuren is die met elkaar verbonden zijn via peptidebindingen, terwijl het dipeptide een vorm van peptide is met twee aminozuren die zijn verbonden met een enkele peptidebinding of een enkel aminozuur met twee peptidebindingen.
Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten. Daarom vormen ze peptidebindingen met elkaar en vormen ze korte ketens van aminozuren; we noemen ze "peptiden". Lange en continue peptideketens zijn "polypeptiden". Deze polypeptideketens verbinden zich met elkaar om eiwitten te vormen. De term peptide is een veelgebruikte term die we gebruiken om een korte keten van aminozuren te noemen, maar de term dipeptide is een specifieke term die we gebruiken om een specifiek type peptiden te noemen.
