Het belangrijkste verschil tussen fermentatie en ademhaling is dat de fermentatie plaatsvindt in afwezigheid van zuurstof, terwijl de ademhaling zuurstof nodig heeft.
Organismen hebben energie nodig om cellulaire activiteiten uit te voeren. Daarom genereren ze energiemoleculen in de vorm van ATP. Ze gebruiken verschillende substraten en vallen uiteen in verschillende vormen, en de vrijkomende energie wordt omgezet in energiemoleculen die door de cellen kunnen worden gebruikt. Glucose is het primaire substraat van veel organismen. Fermentatie en ademhaling zijn twee cellulaire processen die energie opwekken door glucose via verschillende stappen af te breken. Ademhaling is echter efficiënter en produceert meer ATP-moleculen dan de fermentatie.
