Het belangrijkste verschil tussen flagella en cilia is dat de flagella lang is en aanwezig is in één tot acht per cel, terwijl de cilia kort zijn en in honderden per cel aanwezig zijn.
Cilia en Flagella zijn kleine structuren die zijn gehecht aan eukaryote en prokaryote cellen. Ze steken uit het oppervlak van hun cellen. Deze structuren helpen bij het voortbewegen van eencellige organismen. Daarom bevatten ze voornamelijk eiwitten die microtubuli of basale lichamen worden genoemd. In het geval van eencellige eukaryote organismen zijn zowel cilia als flagella essentieel voor de voortbeweging. Aan de andere kant helpen cilia en flagella in meercellige organismen bij de beweging van vloeistoffen en andere materialen langs de lichaamsbuizen terwijl ze de functie vervullen van het verplaatsen van een cel of een groep cellen. Er is echter enig verschil tussen flagella en cilia; ze verschillen vooral van elkaar door de lengte, de grootte, het uiterlijk en het type cellen waaraan ze zijn bevestigd.
