De belangrijk verschil tussen cilia stereocilia en microvilli is dat cilia kleine haarachtige structuren zijn die zijn samengesteld uit microtubuli, terwijl stereocilia bundels haarachtige uitsteeksels zijn die zijn samengesteld uit actine-filamenten en microvilli zijn plooien van celmembranen die zijn samengesteld uit actine-filamenten.
Cilia, stereocilia en microvilli kunnen van buitenaf als vergelijkbare structuren verschijnen. Maar ze zijn structureel en functioneel verschillend van elkaar. Het zijn haarachtige structuren die microscopisch klein zijn. Bovendien zijn het eiwitvezels die zich buiten de cellen uitstrekken.
