Het belangrijkste verschil tussen mesenchymale en hematopoëtische stamcellen is dat mesenchymale stamcellen kunnen differentiëren in neuronen-, bot-, kraakbeen-, spier- en vetweefselcellen, terwijl hematopoëtische stamcellen zich kunnen differentiëren in alle soorten bloedcellen in ons lichaam.
Stamcellen zijn ongedifferentieerde of niet-gespecialiseerde cellen die in ons lichaam aanwezig zijn. Ze zijn in staat om te delen en hetzelfde type stamcellen te geven of om te differentiëren tot gespecialiseerde cellen in weefsels die specifieke functies hebben. Vanwege deze opmerkelijke eigenschappen van stamcellen worden ze gebruikt bij het repareren en regenereren van beschadigde weefsels. Mesenchymale stamcellen en hematopoëtische stamcellen zijn twee soorten stamcellen die buitengewoon belangrijk zijn. Mesenchymale stamcellen (niet-hematopoëtische stamcellen) zijn multipotente stamcellen die bot-, kraakbeen- en vetcellen kunnen genereren. Aan de andere kant kunnen hematopoëtische stamcellen alle soorten bloedcellen in het lichaam vormen. Bovendien zijn beide stamceltypen aanwezig in het beenmerg.