Het belangrijkste verschil tussen embryonale en somatische stamcellen is dat de embryonale stamcellen pluripotente ongedifferentieerde cellen zijn met een embryonale oorsprong, terwijl somatische stamcellen multipotente ongedifferentieerde cellen zijn die van weefsel- en orgaanoorsprong zijn.
Stamcellen zijn ongedifferentieerde cellen die kunnen uitgroeien tot echte weefsels of organen. Over het algemeen zijn er twee belangrijke stamceltypen: embryonale stamcellen en volwassen stamcellen (somatische stamcellen). In het geval van differentiatie kunnen embryonale stamcellen differentiëren tot elk type cel. Somatische stamcellen daarentegen kunnen alleen differentiëren tot meerdere weefselspecifieke cellen. Daarom zijn embryonale stamcellen pluripotent, terwijl somatische stamcellen multipotent zijn. Simpel gezegd, het vermogen tot differentiatie is hoog in embryonale stamcellen in vergelijking met dat van somatische stamcellen.
