Het belangrijkste verschil tussen Mollusca en Echinodermata is afhankelijk van de habitat van de organismen die tot deze twee klassen behoren. Weekdieren leven in zowel land- als wateromgevingen, terwijl stekelhuidigen strikt in mariene omgevingen leven.
Phylum Mollusca en Phylum Echinodermata behoren tot het Kingdom Animalia. Er is een tussen Mollusca en Echinodermata in termen van morfologische, fysiologische en gedragskenmerken. Zowel weekdieren als stekelhuidigen zijn echter triploblastisch en hebben een compleet spijsverteringssysteem. Biologen en taxonomen bestuderen kenmerken van de organismen van elk phylum om organismen effectief te categoriseren.