Het belangrijkste verschil tussen ester en ether is dat de functionele groep van een ester -COO is, terwijl de functionele groep van een ether -O- is.
Ester en ether zijn organische moleculen met zuurstofatomen. Esters hebben de groep -COO. Hier is een zuurstofatoom gebonden aan koolstof met een dubbele binding en de andere zuurstof is gebonden met een enkele binding. Omdat slechts drie atomen verbinding maken met het koolstofatoom, heeft het een trigonale vlakke geometrie eromheen. Bovendien is het koolstofatoom sp 2 gehybridiseerd. Bovendien is een ester een carbonzuurderivaat. Een ether daarentegen heeft een zuurstofatoom met twee enkele bindingen met twee alkyl- of arylgroepen. Het zuurstofatoom heeft ook twee eenzame elektronenparen.
