Het belangrijkste verschil tussen atomen en deeltjes is dat atomen kleine eenheden zijn die uit verschillende deeltjes bestaan, terwijl deeltjes minuscule delen van materie zijn.
Een atoom is de kleinste eenheid van alle materie. Vroeger dachten mensen dat het atoom het kleinste ding was dat er bestaat en kunnen we het niet verder afbreken. Maar volgens recente onderzoeksstudies is het atoom gemaakt van verschillende kleine deeltjes die subatomaire deeltjes worden genoemd. De term deeltje in de chemie verwijst echter naar elk klein gelokaliseerd object dat fysieke eigenschappen heeft zoals volume, dichtheid en massa.