Het belangrijkste verschil tussen chimera en mozaïek is het aantal zygoten dat betrokken is bij de vorming van elk organisme. Verschillende celpopulaties zijn afkomstig van twee zygoten in hersenschim, terwijl verschillende celpopulaties afkomstig zijn van een enkele zygoot in mozaïek.
Chimera en mozaïek waren aanvankelijk mythische concepten van genetische combinatie. Met de vooruitgang van de genetica en moleculaire biologie is het nu echter mogelijk om de verschijnselen van chimerisme en mozaïcisme wetenschappelijk te verklaren. Bij zowel chimerisme als mozaïcisme dragen sommige lichaamscellen een ander genoom. Zo kan hetzelfde weefsel twee of meer verschillende celpopulaties bevatten. Verder nemen twee zygoten deel aan de vorming van een embryo dat zich ontwikkelt tot hersenschim, terwijl een enkele zygoot deelneemt aan de vorming van een embryo dat zich ontwikkelt tot het mozaïek. Mutatie in de vroege ontwikkeling is de reden voor mozaïcisme, terwijl de betrokkenheid van twee verschillende zygoten de reden is voor chimerisme.
