Het belangrijkste verschil tussen pepsine en renine is dat pepsine, een van de belangrijkste spijsverteringsenzymen, een protease is dat wordt uitgescheiden door de maag, terwijl renine een enzym is en ook een hormoon dat wordt geproduceerd door juxtaglomerulaire cellen van de nier.
Proteasen zijn enzymen die peptidebindingen hydrolyseren en eiwitten afbreken tot peptiden of aminozuren. Pepsine is een protease dat aanwezig is in het maagsap. Het is een van de belangrijkste spijsverteringsenzymen die eiwitrijk voedsel in peptiden en aminozuren afbreken. Renine daarentegen is een enzym en een asparaginezuurprotease. Het is het initiatiefenzym van het renine-angiotensinesysteem. Renine werkt als een hormoon en helpt de bloeddruk onder controle te houden.