Het belangrijkste verschil tussen maximale spaarzaamheid en maximale waarschijnlijkheid hangt af van de methode die wordt gebruikt bij het ontwikkelen van de fylogenetische boom. Maximale spaarzaamheid richt zich op het minimaliseren van de totale karaktertoestanden tijdens de fylogenetische boomconstructie, terwijl de maximale waarschijnlijkheid een statistische benadering is bij het tekenen van de fylogenetische boom, afhankelijk van de waarschijnlijkheid tussen genetische gegevens.
Fylogenie is de nieuwe benadering van classificatie en nomenclatuur van organismen. Fylogenie is gebaseerd op genetische gegevens en evolutionaire relaties. De genetische gegevens zijn het resultaat van DNA-sequencing. In de fylogenie vindt classificatie van organismen plaats op basis van de gemeenschappelijke voorouder. Maximale spaarzaamheid en maximale waarschijnlijkheid van een fylogenetische relatie verhogen de nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van een fylogenetische boom.
