Het belangrijkste verschil tussen UPGMA en de aangrenzende boom is het type van de fylogenetische boom die het resultaat is van elke methode. UPGMA is de techniek om een gewortelde fylogenetische boom te construeren, terwijl de aangrenzende boom de techniek is om een onbewortelde fylogenetische boom te construeren.
Fylogenetische bomen zijn boomachtige diagrammen die evolutionaire relaties tussen organismen laten zien. Een fylogenetische boom kan verschillende topologieën hebben, afhankelijk van de techniek die wordt gebruikt voor de constructie van bomen. UPGMA en de aangrenzende boom zijn twee hoofdmethoden om fylogenetische bomen te bouwen.
