Het belangrijkste verschil tussen ionenpaar- en ionenuitwisselingschromatografie is dat, bij ionenpaarchromatografie, ionen in het monster kunnen worden 'gepaard' en gescheiden als het ionenpaar, terwijl bij ionenuitwisselingschromatografie ionen in het monster kunnen worden gescheiden als kationen en anionen afzonderlijk.
Chromatografie is een belangrijke techniek die leidt tot de scheiding van verschillende componenten in een mengsel. Ionenpaar- en ionenuitwisselingschromatografie zijn analytische technieken die we kunnen gebruiken om ionen en polaire moleculen in een mengsel te scheiden op basis van de elektrische lading die ze met zich meedragen.