De belangrijk verschil tussen congeneer en isomeer is dat de congeneer verwijst naar chemische verbindingen met vergelijkbare structuren en vergelijkbare eigenschappen. Ondertussen verwijst isomeer naar moleculen met dezelfde chemische formule maar met verschillende structuren.
De termen congeneer en isomeer verwijzen naar groepen verbindingen die zijn gegroepeerd op basis van hun overeenkomsten. De term congeneer kan verschillende definities hebben, maar in de chemie gebruiken we meestal de definitie dat congeneren chemische verbindingen zijn met vergelijkbare structuren en vergelijkbare eigenschappen. Isomeren daarentegen zijn verbindingen met verschillende structuren maar een vergelijkbare atomaire samenstelling; vandaar dat ze ook verschillende eigenschappen hebben.
