Het belangrijkste verschil tussen Punnett-vierkant en stamboom is dat Punnett-vierkant alle mogelijke genotypen vertoont die kunnen worden geërfd van twee ouderlijke genotypen, terwijl stamboom de familiegeschiedenis van een bepaald kenmerk vertegenwoordigt, met name de overerving van een gen.
Punnett-vierkant en stamboom zijn twee soorten hulpmiddelen die helpen om de kans op overerving van genen te bepalen. Beide laten zien dat het waarschijnlijk is dat een bepaald kenmerk wordt overgeërfd aan het nageslacht. Met andere woorden, beide voorspellen patronen van overerving in familielijnen. Daarom kunnen ze helpen om het risico op een erfelijke ziekte bij een kind te bepalen. Punnett square is gewoon een grafische manier om alle mogelijke genotypen weer te geven die kunnen voorkomen bij kinderen van de twee ouders.
