De belangrijk verschil tussen contig en scaffold is dat een contig geen openingen heeft, terwijl een steiger uit contigs en hiaten bestaat.
Genoomsequentiebepaling van meercellige organismen is erg moeilijk in vergelijking met de sequentiebepaling van eencellige organismen. Whole-genome shotgun sequencing is een gemakkelijke en snelle genoomsequencingtechniek voor meercellige genomen. Het is een methode die veel overlappende DNA-fragmenten parallel sequenteert. Bij deze methode worden kleine fragmenten geassembleerd tot grotere fragmenten en vervolgens tot grotere contigs met behulp van een computer. Vervolgens worden de contigs geassembleerd tot steigers en uiteindelijk tot een chromosoom. Daarom is contig een continu stuk nucleotidesequenties, terwijl scaffold een deel van het genoom is dat bestaat uit contigs en hiaten. Zowel contig als scaffold zijn gereconstrueerde genomische sequenties.
